Alphonse Allais est le cadet d'une fratrie de cinq enfants, de Charles Auguste Allais (1825-1895), pharmacien, 6, place de la Grande-Fontaine de Honfleur (aujourd'hui place Hamelin) et d'Alphonsine Vivien (1830-1927).
Jusqu'à l'âge de trois ans, il ne prononce pas un mot, sa famille le croyait muet6. À l'école, il semble plutôt se destiner à une carrière scientifique : il passe à seize ans son baccalauréat en sciences. Recalé à cause des oraux d'histoire et de géographie, il est finalement reçu l'année suivante. Il devient alors stagiaire dans la pharmacie de son père qui ambitionne pour lui une succession tranquille, mais qui goûte peu ses expériences et ses faux médicaments et l'envoie étudier à Paris. En fait d'études, Alphonse préfère passer son temps aux terrasses des cafés ou dans le jardin du Luxembourg, et ne se présente pas à l'un des examens de l'école de pharmacie. Son père, s'apercevant que les fréquentations extra-estudiantines de son fils ont pris le pas sur ses études, décide de lui couper les vivres.