Professor X und Magneto sind die Anführer der Mutanteninsel Krakoa. Sie glauben an ihre uneingeschränkte Macht, die nur von außen bedroht werden kann. Doch sie haben sich verrechnet und sich durch eigene Schuld einen Feind geschaffen, der alles bedroht, was sie aufgebaut haben. In dieser gefährlichen Situation greift auch noch der mächtige Nimrod an, der alle Mutanten für immer ausrotten will.