Esther Benbassa wurde 1950 in Istanbul geboren, als Nachkömmling einer jüdischen Familie, die im Jahre 1492 aus Spanien vertrieben worden war.
1965 wanderte sie nach Israel aus.
1972 schloss sie ihr Studium der Philosophie und französischen Literatur an der Universität von Tel-Aviv ab (BA) und schrieb sich im selben Jahr zur Fortsetzung ihrer Studien an der Universität Paris VIII ein. 1975 beendete sie diese mit dem Masters-Abschluß. 1978 promovierte sie an der Universität Paris VIII.
1987 erfolgte die Promotion an der Universität Paris III über Haim Nahum Efendi, der letzte Großrabbiner des Osmanischen Reiches (1908-1920) sowie seine Rolle in der Politik und Diplomatie.