In der Ausgabe von The Sword and the Trowel vom August 1887 schrieb Spurgeon einen Artikel mit dem Titel Another Word Concerning the Down-Grade (Ein weiteres Wort zum Niedergang), worin er den Modernismus und die liberale Theologie für den geistlichen Niedergang unter den bekennenden Christen seiner Zeit verantwortlich machte. Traditionelle Lehren wie die Irrtumslosigkeit und Inspiration der Schrift, der stellvertretende Sühnetod Christi, die Jungfrauengeburt des Gottessohnes, die Gottheit Christi sowie die Lehre der ewigen Verdammnis wurden infrage gestellt, und selbst eine Vielzahl der Mitglieder der Baptist Union, dem Baptistenbund, dem Spurgeon angehörte, sympathisierten mit manchen neuen Einsichten des theologischen Liberalismus.
Der von ihm beklagte geistliche Niedergang (engl. downgrade) führte zu der unter der Bezeichnung Downgrade-Kontroverse bekannt gewordenen Auseinandersetzung Spurgeons mit der rationalen Bibelkritik und dem Modernismus. Diese Kontroverse charakterisierte die letzten Jahre Spurgeons und führte schließlich zum Bruch mit der Baptist Union. Zuletzt stritt er einen einsamen Kampf gegen den Abfall des englischen Baptistenbundes, was ihn am Ende zum Austritt aus demselben veranlasste.
Dieser letzte Kampf Spurgeons für die Wahrheit des Evangeliums, die 1887 ihren Anfang nahm, begleitete ihn die letzten fünf Jahre bis zu seinem Tod am 31. Januar 1892. Bis zum Ende seines Lebens diente Spurgeon unter dem Banner Christi stets in der Absicht, standhaft »für den einmal den Heiligen überlieferten Glauben zu kämpfen« (Jud 3).